Это дополнение к git pull/fetch, которое нужно запускать в тех редких случаях, когда изменяются сабмодули, они сами не переключаются в рабочей копии.

git submodule update

See also doc

Часто случается (вот это, кстати, спорный момент), что во время работы над одним проектом вам необходимо использовать другой проект изнутри него. Возможно, это библиотека, разработанная третьей стороной или которую вы разрабатываете отдельно и используете в нескольких родительских проектах. В этих сценариях возникает общая проблема: вы хотите иметь возможность рассматривать два проекта как отдельные, но при этом иметь возможность использовать один из другого.